paddingの緑のボタンが48×48px、marginのボタンが16×16pxになった自作実験
DOM上の枠の寸法と通常のポインター操作を比較しました。スマホ実機の押しやすさを測った結果ではありません。 タップして拡大できます。

.button {
  box-sizing: content-box;
  width: 16px; height: 16px; border: 0;
}
.padding { padding: 16px; margin: 0; }
.margin  { padding: 0; margin: 16px; }